Καταρχάς, ο οδοντίατρος πρέπει να εντοπίσει το προβληματικό δόντι κάτι το οποίο μπορεί να μην είναι τόσο απλό, αφού σε ορισμένες περιπτώσεις ο πόνος είναι τόσο ισχυρός που ακτινοβολεί σε παρακείμενα δόντια.
Ακολούθως πρέπει να γίνει λήψη ακτινογραφίας προκειμένου να αποτυπωθεί ο αριθμός, το σχήμα των ριζών και των ριζικών σωλήνων, καθώς και για να εντοπιστεί πιθανό απόστημα και σημάδια μόλυνσης του περιβάλλοντος οστού.
Μπορεί να χρειαστεί ο οδοντίατρος να συνταγογραφήσει για τον ασθενή ένα αντιφλεγμονώδες ή/και αντιβιοτικό φάρμακο, για να τα λαμβάνει για μερικές ημέρες πριν από την έναρξη της θεραπείας ώστε να μειωθεί το πρήξιμο και να ελεγχθεί η λοίμωξη.
Η διαδικασία της εδοδοντικής θεραπείας, ξεκινάει με τη χορήγηση τοπικής αναισθησίας στην περιοχή γύρω από το δόντι, στο οποίο θα πραγματοποιηθεί η απονεύρωση.
Ο οδοντίατρος τοποθετεί ένα ειδικό λάστιχο, που λέγεται απομονωτήρας, ούτως ώστε να εξασφαλίσει ότι η εργασία θα πραγματοποιηθεί υπό άσηπτες συνθήκες.
Ακολουθεί η διάνοιξη του δοντιού με σκοπό την την εύρεση των ριζικών σωλήνων, δημιουργώντας ένα κενό από τη μύλη του δοντιού στο θάλαμο του πολφού.
Πραγματοποιείται μηχανική επεξεργασία δηλαδή ο καθαρισμός των ριζικών σωλήνων με τα μικροεργαλεία της ενδοδοντίας και με τα υγρά διακλυσμών. Με τον τρόπο αυτό απομακρύνονται τα όποια μικρόβια, νεκροί ιστοί και κύτταρα από το εσωτερικό των ριζών.
Γίνεται η έμφραξη των ριζικών σωλήνων με ειδικό εμφρακτικό υλικό, που λέγεται γουταπέρκα (ή με κάποιο άλλο υλικό) όπου μαζί με το φύραμα τοποθετείται στο εσωτερικό των ριζικών σωλήνων και τους εμφράσσει ερμητικά για να προληφθεί η μόλυνση της περιοχής.
Η έμφραξη εκτείνεται σε όλο το μήκος της ρίζας του δοντιού, ενώ αν έχει χαθεί μεγάλο τμήμα οδοντικής ουσίας, ενδέχεται να τοποθετηθεί ένας μεταλλικός άξονας.
Το δόντι που έχει υποβληθεί σε ενδοδοντική θεραπεία, είναι εύθραυστο και είναι πιθανό να σπάσει. Για να ενισχυθεί η δομή και να βελτιωθεί την εμφάνισή του, τοποθετείται σφράγισμα ρητίνης ή στεφάνη (θήκη δοντιού), ανάλογα πάντα με την έκταση της οδοντικής βλάβης.
Τέλος, γίνεται παρακολούθηση της επούλωσης των ιστών μέσω μίας επαναληπτικής εξέτασης.
Είναι δυνατόν, ένα απονευρωμένο δόντι να είναι ασυμπτωματικό για μήνες ή χρόνια και ξαφνικά να αρχίσει να παρουσιάζει συμπτώματα πόνου. Ο συγκεκριμένος πόνος οφείλεται σε υπολείμματα μικροβίων ή νεύρου στους ριζικούς σωλήνες, τα οποία δεν αφαιρέθηκαν πλήρως κατά την πρώτη ενδοδοντική θεραπεία με αποτέλεσμα να εμφανιστεί νέα φλεγμονή, οπότε πιθανά να χρειαστεί να πραγματοποιηθεί επανάληψη της απονεύρωσης δοντιού.